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做好样本质控很关键

安捷伦科技(Agilent)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的领导者,为实验室提供气相色谱仪、液相色谱仪、质谱仪和光谱仪等分析仪器、安捷伦真空产品、耗材、解决方案及售后服务,专注在食品、环保和法医、制药、诊断、能源化工、科研六大领域。


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作为转化医学研究的重要样本资源,生物样本库的规范建设、科学管理和可持续发展日益受到重视。对于样本库的管理而言,其样本的质控需贯穿在样本的整个生命过程中。
源头的质控有助于对采集到的样本进行分级,不同类型的疾病样本如血液、组织、体液等根据其生物学特性得到了正确的处理和保存,从而避免入库样本的质量偏倚和资源浪费。
过程的质控有助于评估生物样本库的保存条件是否得当,尤其是更换实验流程和储存系统时,更需要定期进行回顾性分析,确保样本可以得到很好的长期保存。
成果的反馈管理对于进入产出阶段的样本库至关重要,有助于样本库总结经验和教训,利用成果争取更多样本库建设资源,形成“高质量样本库——支撑转化医学研究——更高质量的样本库”的正反馈,以保证样本库的可持续发展。
Heidelberg CardioBiobank (HCB)是德国最大的生物样本库之一,重点关注心血管疾病。同时也作为多个国家和国际临床试验和研究项目的核心生物样本库。2014 年,HCB 对样本库系统进行了重组和改进,建立了一个大型的、全自动的 -80 ℃ 存储系统,容量高达 120 万例样品,并引进了安捷伦 4150 TapeStation 系统,在样本采集和管理过程中进行质控,以确保能够储存最合适的样本以及选择最适合的储存条件,进一步保证了利用样本开展转化医学研究结果的可靠性与科学性。

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HCB 样本处理流程在 HCB 的一项回顾性分析中,详细阐述了安捷伦 4150 TapeStation 系统在生物样本库的管控系统中发挥的重要作用。实验设计:
对 -80℃ 保存了 9 年且无反复冻融的 DNA 样本质量进行分析。从 2010 到 2018 年,对每年的入库样本随机抽取 20 例。
2014 年前采用手工柱膜法提取,2015 年后引入自动化提取。借此结果评估提取方法的影响。

结果和结论:
9 年间样品质量的比较。使用安捷伦基因组 DNA 检测法对每年的 20 份 DNA 样本进行分析。2014 年,由于提取方法的改变,对两组进行了分析。
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选取 2010 年至 2018 年的代表性样本进行比较。样品完整性在 2015 年后有所提高,表现为较高的 DIN 值。
图片4用 Quantus 荧光仪和 Agilent 4150 TapeStation 自动化电泳系统测定每年代表性样本的 DNA 浓度。2014 – 2015 年 DNA 浓度的增加是手工提取转向自动化提取的结果。

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由于 2015 年流程的重大改进,HCB 对样本收集、运输和制备等工作流程进行了评估。通过自动化 DNA 提取过程,可以显著提高 DNA 的质量和浓度。使用安捷伦自动化电泳系统进行分析,可以很好地给出 DNA 的质量和浓度结果,提供样本处理和保存流程是否得当的质控依据。
如今,个性化和精准医疗的需求非常明显,“garbage in equals garbage out”,我们需要使用最佳样本进行转化研究。安捷伦自动化电泳系统可以顺利集成到生物样本库的工作流程中,作为可靠的质控工具,验证对下游研究至关重要的核酸样本的质量。
广为生物样本库喜爱的安捷伦质控产品究竟长什么样呢?
图片6在高颜值的加持下,安捷伦质控天团的性能也非常能打:
安捷伦 2100 生物分析仪系统
利用芯片实验室电泳技术分离 DNA、RNA 和蛋白质样品,适用于任何质控工作流程。
安捷伦 TapeStation 系统
易于使用的解决方案,能够快速、精确地评估 DNA 和 RNA 样品,每个样品仅需 1–2 分钟。
● 4150 TapeStation 系统:一次最多能够分析 16 个样品,适合低通量实验室
● 4200 TapeStation 系统:一次可运行多达 96 个样品,适合高通量工作流程
安捷伦片段分析仪系统
用于核酸分析的平行毛细管电泳仪,适合各种应用和通量。
● 5200 片段分析仪系统:采用 12 毛细管阵列,可运行低通量、中等通量的工作流程
● 5300 片段分析仪系统:可选择 48 毛细管阵列或 96 毛细管阵列,适合高通量、超高通量的工作流程
● 5400 片段分析仪系统:完全自动化集成的 96 毛细管阵列,可实现超高通量工作流程
安捷伦 Femto Pulse 系统
市面上唯一一款自动化脉冲场电泳仪,在 1.5h 内即可完成大片段基因 DNA 分析,并实现超高灵敏度 DNA 和 RNA 检测。
专家评价
TapeStation 系统使生物样本库中的 DNA 和 RNA 质控标准化成为可能。其简单的设置、操作和数据分析工具对我们的应用而言是理想选择。TapeStation 工作流程将作为一项标准质量测量纳入美国病理学家协会 (CAP) 认证。
运行过 PFGE 的任何人员都将领会到 Femto Pulse 在分析高分子量 DNA 时的易用性和速度。它已成为 A 公司和 B 公司长读长平台进行样品前处理的关键工具,可确保这些仪器的高质量/高产率。而且,随着技术边界向越来越低样品起始量的扩展,尤其是对 RNA/单细胞技术而言,Femto Pulse 出色的灵敏度使我们能够在前所未有的低浓度下评估样品质量。